Μετά την έρευνα που διενεργήθηκε για τις καταγγελίες σε βάρος της σχετικά με τη διερεύνηση του σκανδάλου Novartis, και η οποία πήρε το δρόμο της Βουλής καθώς ενεπλάκησαν από μάρτυρες πολιτικά ονόματα, ήρθε και η ώρα της Ελένης Τουλουπάκη να καταθέσει την δική της αλήθεια. Εξετάζεται σήμερα ως μάρτυρας στο πλαίσιο της προκαταρκτικής εξέτασης που έχει διαταχθεί με βάση τη δική της αναφορά σε βάρος του Αντεισαγγελέα Αρείου Πάγου και τέως επόπτη της, Ιωάννη Αγγελἠ, ο οποίος την έχει κατηγορήσει για αντιδικονομική συμπεριφορά προς εξυπηρέτηση «εντολών» του αποκαλούμενου ως «Ῥασπούτιν».
Η αναφορά της κ. Τουλουπάκη σε βάρος του πρώην επόπτη της κατατέθηκε πριν από μερικούς μήνες σε απάντηση όσων της καταλογίζει ο κ. Αγγελής και έχει χρεωθεί να διερευνηθεί από Εισαγγελέα Πρωτοδικών, γεγονός που δημιουργεί ερωτηματικά καθώς πρόκειται για κατώτερο της σε βαθμό εισαγγελικό λειτουργό, ενώ αντιθέτως οι καταγγελίες του κ. Αγγελή διερευνήθηκαν από Αντεισαγγελείς Αρείου Πάγου.
Στην αναφορά της, το περιεχόμενο της οποίας καλείται να τεκμηριώσει σήμερα η εισαγγελέας κατά της διαφθοράς, κάνει λόγο για παρεμβάσεις του κ. Αγγελή στο έργο της που είχαν ως αποτέλεσμα την καθυστέρηση των ερευνών .
Φέρεται να υποστηρίζει ότι ο τότε επόπτης της είχε κατασχέσει δύο φορές ηλεκτρονικά αρχεία που αφορούσαν την υπόθεση της Novartis αλλά και άλλες υποθέσεις τις οποίες διερευνούσε η εισαγγελία κατά της διαφθοράς καθώς και τα πρωτότυπα απόρρητα έγγραφα που της είχαν αποστείλει οι Αμερικανοί συνάδελφοί της. Επισήμαινε μάλιστα ότι τα σημαντικά αυτά έγγραφα που είχε κατασχέσει ο κ. Αγγελής δεν είχαν επιστραφεί στους εισαγγελείς κατά της Διαφθοράς.
Ακόμα η Ελένη Τουλουπάκη φέρεται να υποστηρίζει στην αναφορά της ότι ο αντεισαγγελέας του Αρείου Πάγου, Ιωάννης Αγγελής, παρενέβαινε και άλλαζε τις παραγγελίες της προς τους επιθεωρητές δημόσιας διοίκησης.
Ακόμα, στην αναφορά της η κ. Τουλουπάκη φέρεται να αναφέρεται και στο περιβόητο ταξίδι στη Βιέννη, όπου η ίδια, οι συνεργάτες της επίκουροι εισαγγελείς κατά της διαφθοράς και ο κ. Αγγελής είχαν συνάντηση με κλιμάκιο του FBI και Αμερικανούς εισαγγελείς.
Σύμφωνα με τους ισχυρισμούς της, οι Αμερικανοί εισαγγελείς φέρονται να τους αποκάλυψαν ότι έχουν στη διάθεση τους στοιχεία για τραπεζικό λογαριασμό στην Ελβετία ενός πολιτικού προσώπου από αυτά που ελέγχονταν για εμπλοκή στην υπόθεση της Novartis. Μάλιστα, φέρονται να ρώτησαν την κ. Τουλουπάκη, τους συνεργάτες της καθώς και τον επόπτη τους κ. Αγγελή εάν ενδιαφέρονται γι’ αυτόν τον λογαριασμό. Σύμφωνα με την κ. Τουλουπάκη, ο Ιωάννης Αγγελής φέρεται ότι αρνήθηκε να παραλάβουν οι Έλληνες εισαγγελείς αυτά τα στοιχεία καθώς απάντησε στους Αμερικανούς να τα αποστείλουν μέσω Εurojust, καθυστερώντας έτσι τις έρευνες.